Историята на Македония е дълбоко свързана с християнството, с дейността на православната църква, нейните духовни водачи, учители и светци. Така е още от първите векове на християнството, като традицията свръзва началото на християнската проповед и църковна организация със св. апостол Павел при неговите пътувания в южните земи на Балканския полуостров. След приемането на християството за равноправна, а после и за официална религия на Източната Римска империя (Византия) през ІV-VІІ в. в днешна Македония се създала класическа християнска култура с големи центрове и забележителни паметници, сред които са Хераклея Линкестис (Битоля), Скупи (Скопие), Лихнида (Охрид) и други. От днешна Македония бил родом и великият император Юстиниан І (527-565), който е имал древнотрайкийски произход. При Юстиниан християнската култура на Византия достигнала най-забележителните си върхове.
Ранновизантийското християнско наследство се запазило най-добре в най-южните райони на географската област Македония, преди всичко в близост с големия имперски град Солун. Етнокултурната ситуация в земите по течението на Вардар била изцяло променена след нашествията на аварите и заселването на славяните и Куберовите българи през VІІ в. Започнали да доминират езическите култове на новите жители. В тези земи протичал етнически процес, идентичен с онзи в Мизия и Тракия – сливане на славяни, древни българи (т.нар. прабългари) и потомците на античните жители, най-вече траки. Славяните в Македония били категорично от т.нар. българска група, заселили се като общ поток на Балканите и различни по език, обичаи и т.н. от сърби и хървати. Прабългарите били представители на древен индоевропейски народ, чиито две групи (на Аспарух и Кубер) се заселили в Североизточна България и Керамисийското поле (районът на Битоля и Прилеп). В периода VІІ-ІХ в. създадената от тях държава България постепенно обединила земите на античните римски провинции Мизия, Тракия и Македония. В Европа "се родил" един от нейните най-стари, класически народи – българският.
Днешната християнска история на Македония, така както е и в цялата българска етническа територия, е най-силно свързана с покръстването на обширната българска държава през 864 г. Тогава св. княз Борис Михаил, при когото границите на царството се простирали от реката Днестър до Адриатическо море, и от Карпатите до Беломорието, направил избор със съдбовни последици. Именно този далновиден и способен държавник олицетворява т.нар. цивилизационен избор - Християнството, което ще формира цялостният етнокултурен облик на българския народ и ще го преведе и през велики събития, и през тежки изпитания.
Още от онова време Македония се превръща в един от двата водещи центрове на общобългарския политически, духовен и културен живот. В християнска България се оформили две книжовни средища – Велики Преслав (след 893 г., до тогава старата столица Плиска) и Охрид. Светите учители Климент и Наум принадлежат и на двете средища, отначало те работели в Плиска, а по-късно били изпратени с нарочна мисия от Борис в Охрид и югозападните български земи. През 893 г. Климент бил избран за "пръв епископ на българския народ", подкрепян много усърдно както от Борис, така и от неговия син големият интелектуалец цар Симеон Велики (893-927). Един от най-ярките християнски символи на днешна Македония е прочутият манастир на св. Наум на Охридското езеро, построен с щедрата подкрепа на св. княз Борис-Михаил и цар Симеон Велики.
През 971 г. Първото българско царство претърпяло тежка катастрофа, нападното от руския княз Святослав и Византия. Столицата Велики Преслав и дунавският Дръстър (дн. Силистра, официалното средище на българската патриаршия) били окупирани от Византия, а цар Борис ІІ – отведен в Цариград и детрониран. Тогавашният български патриарх Дамян не се примирил със сторените от християнска Византия злини – този български архиерей безспорно бил силна личност, отдадена както на вярата, така и на своя страдащ народ. Дамян успял да напусне Дръстър и намерил убежище в незавладените западни земи на царството. Отначало патриархът се установил в Средец (София) под закрилата на братята "Комитопули" (Давид, Мойсей, Аарон и Самуил) – колективното наместничество, което управлявало от името на пленения цар. Във връзка с дългата и ожесточена българо-византийска война приемниците на патриарх Дамян на няколко пъти променяли своето средище, докато около 1000 г. българският духовен глава трайно се установил в Охрид.
Църквата играела важна роля в "българската епопея" при великия цар Самуил (997-1014) и неговите наследници. Самуил отдавал важно значение на християнската вяра, което личи от построените при него църкви в любимата му резиденция Преспа (на о-в "Св. Ахил" в Преспанското езеро, днес на територията на Гърция) и в новата българска столица Охрид. Самуил пренесъл в Преспа мощите на св. епископ Ахил от Лариса (Тесалия), а в Охрид – онези на св. Трифон от Далмация.
Завладявайки България, през 1018/1019 г. император Василий II Българоубиец (976-1025) понижил статута на патриаршията в ранг на архиепископия. Като отчитал авторитета на църквата и духовенството, той все пак запазил нейната самостоятелност. Прието било Охридската архиепископия да съхрани своя български облик, а архиепископите й да бъдат българи. След първия от тях, Йоан Дебърски (1019-1037), наистина българин по произход, в Охрид обаче били изпращани приближени на двореца византийски духовници. Така Охридската архиепископия постепенно се елинизирала, особено нейните архиереи и епископи. Тя съществувала до 1767 г., запазвайки названието "архиепископия на цяла България" и теоретичната си претенция към всички български земи. Обликът й обаче бил повече византийско-универсалистки, отколкото национален. Архиепископите българи били рядкост, но обикновените свещеници и монаси в мнозинството си са били българи.
Въпреки негативните явления в политически и културен план, българското духовенство и в епохата на византийската власт изпълнявало своята висока мисия. Най-силно било влиянието на последователите на св. Иван Рилски – св.св. Гаврил Лесновски, Йоаким Осоговски и Прохор Пшински. Създадените от тях обители били огнища на българската духовна култура в днешна Македония, създавана на старобългарски език. Самите византийски власти в крайна сметка признавали духовното богатство на завладяната България, величието на нейните християнски владетели и светци. Не случайно охридският архиепископ Теофилакт Български, грък по произход, прославял в творбите си св. Климент и св. княз Борис-Михаил. На свой ред Георги Скилица, византийски управител на Средец (дн. София), написал гръцко житие на св. Иван Рилски.
През ХІІ-ХІV в. Македония имала драматична съдба, но Охридската архиепископия запазила своята власт и влияние. Те били изрично признати и от великия български цар Иван Асен ІІ (1218-1241), който успял да обедини всички български земи. Известният архиепископ Димитрий Хоматиан, съвременник на Иван Асен, написал ново житие на големия български учител св. Климент. Попаднала през ХІV в. под сръбска власт, Македония запазила своя български етнокултурен и духовен облик. Когато кратко съществувалото Душаново царство се разпаднало, в Македония се явили държавици с български народностен облик. И Вълкашин, и неговият син Марко ("Крали Марко", "Марко Крале") в Прилеп, и Константин Деянов в Северна Македония се завърнали към българския свещен пантеон. Характерните за средновековна Сърбия култове към св. Симеон и св. Сава не намират почти никакво място в духовния живот на тези държави.
През тежките векове на турското робство, на сръбската власт, на кралска и Титова Югославия нашите сънароници от Македония пазят своите корени и благодарение на вековната национална духовна традиция. В нея много важно място заемат именно светците и духовните учители от Македония. И надали е случайно, че в тези земи се ражда Отец Паисий Хилендарски – историкът, светецът, вдъхновителят на българското национално Възраждане. И без това наследство е немислима появята на такива титани на българския дух като братя Миладинови, Григор Пърличев, Гоце Делчев, Тодор Александров...
От общо около 115 светци и групи светци в българската духовна история почти половината (около 50!) са именно от Македония, родени са в тази свещена българска земя или са свързани с нея. Сред тях изпъкват емблематични имена -не само за българското и славянското православие, но и за европейската цивилизация – светите братя Кирил и Методий, учителите на българския народ светите Климент и Наум, обичайният народен отец св. Иван Рилски, великият православен композитор св. Йоан Кукузел, свидни образи от епохата на турското робство като св. Георги Нови Софийски и св. Паисий Хилендарски.